نکته اصلی و مهم در فرآیند علمی - تربیتی آکادمیک در اندیشه افلاطونی، سیر یادگیری و آموزش براساس فرآیند فکر کردن بوده است. مفهوم بعدی که همان univers و university است، نوعی از تعلیم و تعلم است که علاوه بر روش تفکر، جامعیت حیطه‌های علمی را هم در بر می‌گیرد. یونیورسیتی مفهومی از نظام علمی است که عمق و گستره آن از دوره مدرنیته به بعد بیشتر شد و امروزه به سطحی از نظام علمی رسیده که بر روی مطالعات پیشرفته (advance study) کار می‌کنند. مطالعات پیشرفته جنسی از مطالعات علمی در نظام یونیورسیتی است که با نقد رشته‌ها و محتویات علمی سعی در گسترش دامنه علمی و تولید علوم مختلف دارد. باز در اینجا، فرآیند تفکرمحوری در حیطه علمی، نقش برجسته و اساسی دارد.
نمونه‌‌ای از مطالعات پیشرفته در سیستم یونیورسیتی در مراکزی مثل کالج فرانسه و مدرسه اقتصادی لندن به وضوح دیده می‌شود. کشور ایران از دوره قاجار تاکنون به دلایل متعدد در برابر مدرنیته غربی دچار حیرت بوده و برحسب همین حیرت همواره رفتاری مقلدانه در حیطه‌های مختلف از خودش بروز داده است. برای مثال این رفتار مقلدانه در حیطه‌های اقتصادی با خام‌فروشی و عدم تولید کالا، در حیطه‌های هنری با برتافتن تکنیک‌ها و اندیشه‌های هنری مدرن و پست‌مدرن، در حیطه‌ی اخذ نظام علمی مدرن هم همین رفتار مقلدانه حاصل حیرت را ادامه داده است.این رفتار مقلدانه نوعی انحطاط سیستمی و محتوایی را برای نظام‌های مختلف کشور ما به ارمغان آورده است. این انحطاط، از روش تعلیم علوم که مبتنی بر حافظه‌محوری و استناد هر اندیشه و گفته به منابع پیشینی است مشاهده می‌شود تا محتویات علوم که براساس ترجمه کتب غربی است. اگر دانشگاه‌های ما صرفا مبتنی بر روش استناد به منابع (رفرنس‌دهی) به پیش بروند که سالهاست همینگونه پیش می‌روند، پس تفکر و تولید علمی کی و چطور رقم خواهد خورد؟ اگر قرار باشد برای هر ادعا و گفته‌ای، استناد به کتاب، جزوه و حرف از پیش گفته شده‌ای کنیم، این دور و تسلسل باطل چگونه منتج به حرف و نظریه جدیدی خواهد شد؟
سالهاست امام خامنه‌ای دغدغه نهضت تولید علم و جنبش نرم‌افزاری، تولید علوم انسانی و... را در کشور دنبال می‌کنند و حتی بصراحت فرموده‌اند که اگر نهضت تولید علم و جنبش نرم‌افزاری رقم نخورد، انقلاب اسلامی به قتلگاه خواهد رفت؛ پس اساتید دانشگاه و سیستم دانشگاهی تا کی قرار است به این روند منتج به نابودی انقلاب، ادامه دهند و به فکر تولید نباشند؟ در سیستم علمی دانشگاهی که بابت هر عطسه‌ای باید رفرنس ارائه کرد، چه جای تولید و زایش اندیشه است؟ فرق و تفاوت نظام مدرسه‌ای که صرفا براساس تدریس گزاره‌هایی به مدرس برای آشنایی او با مقدمات علمی است با نظام دانشگاهی که گفته می‌شود مبدا تحولات و زایشگاه اندیشه است، چیست؟ امروزه نظام علمی ایران در بستری به نام دانشگاه، با دلایلی همچون عدم استناد به منابع علمی و... مانع تولید اندیشه جدید می‌شود.
برای نمونه جشنواره پرمدعای فارابی، پایان‌نامه ممتاز دانشگاه تهران تحت عنوان دکترین بیع در افق 1414 را که محصول تلاش علمی و بی‌وقفه سرکار خانم اسماعیل‌نژاد بود کنار گذاشت یا هنگامی که دکتر دینانی، کتابی با نام پرسش از هستی را نگاشت و در آن به منابع پیشینی، کمتر استناد نمود، موجب شد تا صدای برخی به ظاهر آکادمیسین‌ها بلند شود و لب به اعتراض بگشایند که این آثار، آثار علمی نیست زیرا که قواعد علمی و آکادمیک من جمله استناد علمی در آن رعایت نشده است از این نمونه‌ها در نظام به ظاهر آکادمیک ایران فراوان است. از طرفی فریاد تولید علم دینی و بومی می‌آوریم و امام مسلمین رسما بیان می‌فرمایند که مبنای علوم انسانی غربی،مادی، غیر الهی و غیر توحیدی است و از طرف دیگر هرکس را که بخواهد کار و فعالیت علمی و پژوهشی انجام دهد محکوم به استناد به همان منابع غیر اللهی و غیر توحیدی می‌کنیم. این تناقض گفتاری و رفتاری و تناقض هدف‌گذاریها و سیستمها بسیار جای شگفتی دارد. من حیث المجموع به نظر می‌رسد نظام آکادمیک جمهوری اسلامی ایران به مثابه قاتل آرمانها و اهداف انقلاب اسلامی می‌ماند و تا این نظام منحط و فروخفته در جهالت بیدار نشود،مشکلی برطرف نخواهد گشت. البته اگر هم این سیستم علمی بیدار نشد و به خواب به ظاهر شیرین خود ادامه داد، محکوک به مرور زمان خواهد گشت و از میدان به در خواهد شد کما اینکه این از میدان به در شدن را اندک اندک مشاهده می‌کنیم.
