یکی از ویژگیهایی بارز آیتالله مشکینی که در اکثر مقاطع زندگی ایشان آشکار بود، تواضع و فروتنی است. ایشان کسی بودند که چه بهلحاظ سیاسی، در رأس مهمترین مجلس که همان مجلس خبرگان بود، قرار داشتند و چه بهلحاظ علمی، جزء اساتیدی بودند که در اکثر دروس حوزوی از دانش بالایی برخوردار بودند و به همین علت هم کلاسهای درس ایشان جزء چند کلاس پرجمعیت حوزه بهشمار میرفت، ولی با همه این اوصاف اگر کسی او را از قبل نمیشناخت، نمیتوانست با دیدن او و رفتار و اعمالش پی به مناصب بالای او ببرد. در کتاب زندگی و مبارزات آیت الله مشکینی که توسط مرکز اسناد انقلاب اسلامی منتشر شده روایاتی از تواضع ایشان بیان شده است:
آیتالله العظمی خامنهای رهبر معظم انقلاب اسلامی درباره این ویژگی اخلاقی ایشان میفرمایند:
«...جایگاه رفیع او در نظام جمهوری اسلامی و ریاست مجلس خبرگان رهبری، از آغازِ تشکیل این مجلس ــ که نشانه حرمت و مکانت او در چشم نخبگان و علمای بزرگ و اساتید مبرز روحانی کشور است ــ هرگز نتوانست در تواضع و فروتنی او یا در زندگی زاهدانه و دامنِ پاک او، کمترین خدشهای وارد آورد. او جامع علم و عمل، جهاد و زهد، و تشخیص و سلوک صائب و مستقیم، بدون انحراف بود».
آیتالله العظمی مکارم شیرازی نیز درباره این ویژگی ایشان اینگونه توضیح میدهد:
«ایشان فوقالعاده آدم متواضعی بود. در میان ما معمول است که هر دیدی، بازدیدی دارد اخلاقاً و ادباً باید چنین باشد. بارها شد که ایشان به دیدن من آمد. من به ایشان گفتم «میخواهم بیایم بازدید، شما را ببینیم». ایشان گفت: «همان بس است». اگر به مشهد میرفتم و ایشان باخبر میشد، به دیدار ما میآمد. اخلاقاً سن ایشان از من بیشتر بود، و مردی محترم و از چهرههای بارز انقلاب و روحانیت بود، اما وقتی میخواستیم بازدید برویم، آن طور میگفت.
همین تواضع، در خطبههای نماز جمعهاش میدرخشید. ایشان خیلی متواضعانه خطبهها را ادا میکرد، و به همین دلیل خطبههای ایشان در نمازجمعه خیلی مفید بود. شما کتابهایشان را نگاه کنید، میبینید [نام ایشان] با القاب سادهای نوشته شده است».
حجتالاسلام قرائتی درباره این ویژگی اخلاقی ایشان خاطرهای را نقل میکند: «یادم است طلبهای بود که آیتالله مشکینی به او نامه مینوشت. [ایشان] در آخر نامه مینوشت: «قربان شما، علی مشکینی»، من نگاه کردم که این طلبه بیست سالش است، و آقای مشکینی، که چهل سال پیش هم آیتالله بود، به یک بچه این جور مینویسد؛ این دلیل تواضع ایشان بود».