پناهگاهسازی یکی دیگر از مسئولیتهای بزرگی بود که ستاد پشتیبانی جنگِ راهآهن بر عهده گرفت. در نزدیکی بسیاری از خانههای سازمانی کارکنان راهآهن، مناطق آموزش و پرورش و مدارس، اماکن عمومی و پررفت و آمد، تأسیسات و در محلهایی که معیارهای اولیه امنیت را در شرایط حملههای هوایی داشت پناهگاه ساخته شد. راهآهن در مجموع ۲۲ پناهگاه در ۲۲ مدرسه و مناطق آموزش و پرورش جنوب تهران به بهترین نحو احداث کرد.
یکی از همکاران وقت راهآهن می گوید:
«عمده ساخت پناهگاههای منطقه ۱۷ آموزش و پرورش تهران را وزارت راه و ترابری طی موافقتنامهای قبول کرده بود. ما، چون پیشبینی میکردیم این جنگ تا ابد ادامه نخواهد داشت و بعد از جنگ هم باید بتوانیم از این سازهها استفاده کنیم شروع به ساخت و ساز کردیم مثلاً سالن امتحانات یا انبار یا سالن پینگپنگ برای دانشآموزان…
در سطح وزارتخانهها و سازمانهایی که ساخت پناهگاهها را تقبل کرده بودند، این راهآهن بود که بهترین پناهگاهها را ساخت و علاوه براین ۲۲ پناهگاه، ۲ تا الی ۳ پناهگاه عمومی برای پارکهای جنوب تهران ساخته شد. در ضمن ساختمانها و زیرزمین ایستگاه راهآهن تهران، ساختمان شهید کلانتری که در میدان راهآهن قرار داشت بهترین پناهگاه بود. آنها نیز در اختیار مردم قرار گرفته بود.»
یادداشت / حسین زارع
یادداشت| روایتی از حماسه جهادی بسیجیان در جنگهای ۱۲ روزه و رمضان
یادداشت|