پیش از این سید حسن خمینی در مورد امکان اعتراض در مهلت قانونی اعلام شده، گفته بود: بر حسب قانون امکان اعتراض وجود دارد، ولی جداً معتقدم که در این میان نکته نامعلوم و مبهمی وجود ندارد و بنده هم فردی ناشناخته نیستم که اعضای محترم با بررسی مجدد بتوانند هویت و یا سندی را به دست آورند، لذا تلقی اینجانب آن نیست که شکایت مسیری جدید را بگشاید و لذا بر آن باورم که اگر آقایان نتوانستند از شهادت مراجع و علما و درس ها و نوشته ها به احراز برسند، بعید است بتوانند در آینده نیز به چنین مهمی دست یابند؛ اما تنها با توجه به درخواست عمومی مردم و برخی بزرگان حوزه و سیاست به این امر اقدام می کنم.
شورای نگهبان علت عدم احراز صلاحیت حسن خمینی را خودداری وی برای حضور در امتحان علمی عنوان کرده بود امری که توسط نوه بنیانگذار امام خلاف واقع عنوان شد.
وی در این مورد گفته بود: شایعاتی مطرح شد که از اینجانب برای مصاحبه های علمی -جدای از امتحان معهود- دعوت شده است که لازم است به اطلاع عموم برسانم که این مطلب کاملا خلاف واقع است و هیچ گاه هیچ کس به هیچ نوع از اینجانب جهت مذاکره یا مصاحبه یا طریقه ای که به کشف علمیت بیانجامد دعوت نکرده است.
در حالی شرکت نکردن نوه بنیانگذار جمهوری اسلامی در امتحان اجتهاد دلیل این رد صلاحیت عنوان می‌شود که تعداد دیگری از نامزدهای حضور در این انتخابات بدون شرکت در امتحان صلاحیتشان تایید شده است.
علاوه بر آن ده ها مرجع و عالم و فقیه به اجتهاد نوه بنیانگذار انقلاب شهادت داده و صلاحیت سیدحسن خمینی را محرز دانسته بودند.
سید حسن خمینی در این باره تصریح کرده بود: اینکه بعضی از حضرت آقایان محترم فقهای شورای نگهبان نتوانستند از شهادت علمای اعلام که بر بسیاری از ایشان سمت استادی دارند و اساتید معظم که قوام حوزه علمیه به آنهاست و از نوشته ها و کتاب های اینجانب، صلاحیت علمی را احراز کنند حداقل برای من و بسیاری دیگر جای تعجب دارد.
پیش از این امیر محبیان نظریه‌پرداز اصولگرا درباره دلیل ردصلاحیت سید حسن خمینی گفته بود : آقای هاشمی و رسانه‌های هوادار او اینگونه القا کردند که سید حسن نه به عنوان کاندیدا بلکه به عنوان رهبر بالقوه کشور در آینده وارد صحنه شده است.
وی در ادامه با تاکید بر اینکه سید حسن خمینی باید از موضع تواضع وارد ارتباط با شورای نگهبان می‌شد، عنوان می‌کند: ورود از سوی اصلاحات به صحنه انتخابات طبعا سید حسن را در برابر موضع سنتی محافظه کار شورای نگهبان قرار می دهد. ضمن آنکه جنبه سیاسی ورود وی را بر جنبه علمی غلبه داد.بنا براین سید حسن علیرغم ظرفیت ها و توانایی هایش در فضایی که توسط جناب هاشمی سامان داده شده بود؛ وارد صحنه شد؛ فضایی که قضاوت شورای نگهبان در باب آن روشن بود.
سید حسن خمینی نیز در پاسخ به همه انتقادها و اتفاقات اخیر با تاکید بر مردمی بودن نظام در کنار دینی بودن آن،شرط تحقق این امر را باز بودن امکان رقابت های غیر سازمان یافته اعلام وتصریح کرده بود: هیچ رفتاری نباید این تلقی را ایجاد کند که رقابت در جمهوری اسلامی با سختی مواجه است و نهادهای دموکراتیک این نظام از جمله مجلس خبرگان که ثمره خون پاک شهیدان است، خدای نکرده با شائبه بسته بودن رقابت در درون خانواده انقلاب مواجه است.
