به گزارش خبرگزاری بسیج، شهید مطهری در فعالیتهای سیاسی در کنار امام خمینی (ره) بود، بهطوری که
میتوان سازماندهی قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ در تهران و هماهنگی آن با امام را
مرهون تلاشهای او و یارانش دانست. وی در ساعت ۱ بعد از نیمه شب روز
چهارشنبه ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ به دنبال یک سخنرانی مهیج علیه شخص شاه به وسیله
ساواک دستگیر، و پس از انتقال به زندان موقت شهربانی به همراه تعدادی از
روحانیون تهران زندانی شد. پس از ۴۳ روز به دنبال مهاجرت علمای شهرستان ها
به تهران و فشار مردم، به همراه سایر روحانیون از زندان آزاد شد.