ری باشکوه و باستان با این همه آثار شاخص و برجسته در طول تاریخ آسیب های فراوانی از حوادث دیده است هم از حملات و هجمه های دشمنان و مهاجمان و هم از حوادث طبیعی مثل زلزله و آخرین صدمه و ویرانی جدی در اواخر دوره سلجوقی با حمله مغول اتفاق افتاد که دیگر ری از آن شهرت و جایگاه و شکوه تاریخی خودش افتاد و در آن مقطع نابود شد اما واقعیت این است که ری در دوره های مختلف آسیب های بدتر از این هم دیده است.
با توجه به کاهش دبی آب چشمه علی هنگام اجرای پروژه متروی خط 6، مسئولان علت کاهش خروجی آب از کوه چشمه علی را انحراف چشمه در محل اجرای تونل در مناطق بالادستی اعلام و تاکید کردند با پایان پروژه شرایط به وضع سابق باز می گردد؛ اما به رغم وعده ها و تاکیدات مسئولان، اکنون شاهد خشکیدن چشمه علی به طور کامل هستیم. این چشمه که روزگاری محل زیست ماهی زرداب ( ماهی های ریز برای درمان یرقان) بود امروز دیگر میزبان این ماهی های درمانی نیست و نسل ماهی های زرداب ری منقرض شد.
چند سال پیش؛ رئیس موزه لوور پاریس در بازدید از شلمچه تحت تاثیر معنویت این یادمان مقدس قرار گرفته و به مسئولان ایران گفته بود؛ ما اگر حتی یک میخ با قدمت تاریخی صد ساله داشته باشیم اطراف آن را سیم خاردار می کشیم و از آن حفاظت می کنیم.
خبر نگهداری کتیبه قاجاری در وضعیت نامناسب در کارخانه سیمان ری چند سال پیش از سوی خبرنگار بسیج مطرح شد اما اداره میراث فرهنگی ری توانایی اینکه این اثر تاریخی را از مدیر تسفیه کارخانه تحویل بگیرد، نداشت.