این انتصاب در حالی صورت گرفت که انتخاب او برای استانداری فارس جنجال به پا کرد. نمایندگان فارس در مجلس شورای اسلامی نسبت به انتخاب وی و بی توجهی وزارت کشور به مشورت های آنها دسته جمعی استعفا کردند اما وزارت کشور بدون اعتنا به دغدغه های وکلای مردم فارس در بهارستان نسبت به استاندار آشنا به مسائل و مشکلات فارس، قوی و کارآمد، «افشانی» را به عنوان استاندار سومین حرم اهل بیت منصوب کرد.
سيد محمدعلی افشانی اهل استان کهگیلویه و بویراحمد، معاون عمرانی وزير آموزش و پرورش ايران در دولت اصلاحات و معاون عمرانی اسبق استانداری خوزستان است. او در سال 82 در حمایت از متحصنین مجلس ششم از مقام خود استعفا کرد.