به گزارش خبرگزاری بسیج به نقل از پایگاه پژوهشی مرکز اسناد انقلاب اسلامی فتنه سال 88 تنها حرکت وسیع علیه انقلاب اسلامی نیست و با تورقی در تاریخ می‌توان مشاهده کرد پیشتر و در سال‌های اولیه انقلاب اسلامی٬ نظام با فتنه‌های مختلفی مواجه شده است و امام خمینی (ره) با تدییر و درایت کشور را از توطئه منافقین و فتنه‌گران نجات دادند و روز به روز ایران اسلامی پرقدرت‌تر حرکت پرشتاب خود را ادامه داد. از این رو مرکز اسناد انقلاب اسلامی به بازخوانی نحوه مواجهه امام خمینی (ره) با فتنه‌ها می پردازد.
پس از پیروزی انقلاب٬ مهم‌ترین چرخش سیاسی سازمان مجاهدین خلق با تحریم رفراندوم قانون اساسی آغاز شد. آنها مانند سایر گروههای مخالفِ انقلاب به شکل برگزاری رفراندوم که از سوی امام(ره) تعیین شده بود، اعتراض کردند و آن را تقابل با اسلام دانسته و صراحتاً محکوم کردند.
در آن زمان٬ رابطه بنیصدر و سازمان مجاهدین خلق، خصوصاً پس از اعلام تغییر ایدئولوژیک سازمان در سال 1354 رابطه‌ی خوبی نبود. بنیصدر سازمان را التقاطی می‌‌دانست و اولین کسی بود که عنوان منافق را برای آنها به کار برد و کتابی به نام «منافقان از دیدگاه ما» نوشت. سازمان هم بنیصدر را «آخوند بی‌عمامه» و «جلاد کردستان» می‌نامید. اما جریانهای بعدی انقلاب کم‌کم مواضع سازمان و بنیصدر را نسبت به هم تغییر داد تا جایی که با هم متحد شدند. شروع این تغییر مواضع با رد صلاحیت مسعود رجوی از انتخابات ریاستجمهوری و برهم‌‌خوردن برنامه‌ی سازمان برای کسب قدرت کلید خورد.
در دی ماه 1358، رجوی برای ریاستجمهوری نامزد شد، اما به علت آنکه سازمان و رجوی به قانون اساسی رأی نداده بودند و امام (ره) اعلام کرد کسانی که به قانون اساسی رأی نداده‌اند، نمی‌‌توانند کاندیدا شوند، رجوی بهناچار از کاندیداتوری کناره گرفت.
بنیصدر در اقدامی زیرکانه اعلام کرد که رجوی دارای پایگاه مردمی بوده و با کنار گذاشتن او مخالف بوده است:«... من با این کار مخالف بوده و هستم [حذف رجوی]... من فکر می‌کنم آنهایی که این مسئله را به وجود آوردند قصد داشتند اوضاع نامساعدی برای انتخابات ایجاد کنند و جای خوشوقتی است که طرفداران مسعود رجوی ایجاد تشنج نکردند و عاقلانه رفتار کردند و من از ایشان تشکر می‌کنم...»
موضع‌گیری جانبدارانه‌ی بنیصدر در آن زمان تلاش آشکاری برای جلب حمایت سازمان و آرای هواداران آن به شمار می‌رفت. در واقع اولین طلیعه‌ی تعامل بنیصدر و رجوی با این موضع‌گیری نمایان شد. رجوی اعلام کرد که هواداران سازمان چنانچه تمایل داشته باشند می‌توانند به بنیصدر رأی بدهند و رهبری سازمان مخالفتی ندارد.
محمدرضا عدالتیان، یکی از اعضای سازمان مجاهدین خلق در این باره می‌نویسد: سازمان منتظر نتایج انتخابات شد و بلافاصله پس از انتخاب بنیصدر هواداران سازمان در نقش طرفداران فعال بنیصدر شروع به کار کردند. پس از انتخاب بنیصدر فقط تعداد اندکی از نشریه سازمان برای فروش باقی ماند و کار روزانه‌ی اعضای سازمان تظاهرات به نفع بنیصدر و درگیری با حزب‌اللهی‌ها بود. بنیصدر از شخصیت متزلزلی برخوردار بود، کافی بود به او گفته شود «آقای رئیس‌جمهور» و آن وقت دیگر بهترین فرد در نظرش شناخته می‌‌شدی.
البته تنها رد صلاحیت رجوی در انتخابات ریاستجمهوری عامل اتحاد بین منافقین و بنیصدر نبود، بلکه بنیصدر از ابتدای ورود به ایران درصدد نزدیکی با منافقین برآمده و ساعت های مشخصی را به اصطلاح جهتِ بحثِ ایدئولوژیک قرار داده بود و از طرف دیگر منافقین با تحلیلی از بنی صدر به عنوان «یک نیروی خرده بورژوازی با خصلت لیبرالی ضدارتجاعی» تز نزدیکی با وی و جذب او را میدادند. وجود مشترکاتی از این قبیل عامل مهمی در جهتِ نزدیک‌شدن بنیصدر و منافقین شد.
در آن ایام امام خمینی رهبر انقلاب اسلامی که علاوه بر ارائه‌ی اندیشه‌ی سیاسی بر مبنای اسلام، در عمل نیز به نهادسازی و هدایت انقلاب می‌پرداختند و مدیریت انقلاب را در کوران حوادث و مشکلات برعهده داشتند٬ با تصمیم‌گیری‌های خود نقش اساسی در حلِ مشکلات پیچیده و مسائل مهم و حیاتی انقلاب ایفا کردند. فتنه‌ی نفاق که با پیوند بنیصدر و سازمان مجاهدین خلق در نخستین سال‌های پیروزی انقلاب روی داد، یکی از مسائل مهم و اساسی جامعه‌ی ایران در سال‌های 1358 تا 1360 است.
چند ماهی از پیروزی بنیصدر در انتخابات ریاست جمهور نگذشته بود که وی مواضع تندی را علیه انقلاب و شخصیت‌های انقلاب و حزب جمهوری اسلامی اتخاذ کرد. با بروز اختلاف‌ها در مسائل مختلف مملکت بین رئیس‌جمهور و جناح وی و مجلس، که اکثریت آن اعضای حزب جمهوری اسلامی بودند، امام آنها را به وحدت و رفع اختلافات دعوت کرد و در سخنرانی‌های خود از هر دو جناح حمایت کرد. این نوع برخورد امام مخصوصاً بعد از شروعِ جنگ تحمیلی ناشی از درنظرگرفتن شرایط ویژه‌ی جامعه بود که همه‌ی نیروهای داخلی باید برای مبارزه با دشمن خارجی اختلافات خود را به کمترین حد ممکن برسانند. افراد و جناح‌ها طی نامه و پیام‌هایی به امام به طور ضمنی خواستار مؤاخذه‌ی طرف مقابل خود می‌شدند. در بسیاری از موارد امام با اذعان به اینکه برخورد با این موارد در اختیار او نیست و بهتر است از طریق قانونی به حل اختلافات خود بپردازند، سعی می‌نمودند بی‌طرفی خود را نشان دهند.
تدبیر امام خمینی (ره) در ماجرای بنیصدر
تا پایان سال 59 حضرت امام متناسب با مسائلی که در جامعه ایجاد می‌شد و چالش بین جناح‌ها را به وجود می‌آورد، همواره سعی کردند با توجه به شرایط خاص جامعه به‌عنوان یک وزنه تعادل ایجاد کنند و بی‌طرف باشند. در ماجرای بزرگداشت روز 17 شهریور در میدان شهدا٬ بنی صدر در سخنانی، از اقلیتی سخن گفت که قصد تسخیر امور سیاسی و نظامی کشور را دارند و اولین هدف آنها رویارویی با رئیس‌جمهور و ازمیان‌بردن قدرت اوست. او گفت که آنان مترسک می‌تراشند، القای شبهه می‌کنند و دائم این گروه و آن گروه را پیش می‌کشند تا مردم بترسند. در واکنش به این اظهارات و پس از کسب تکلیف هاشمی از حضرت امام٬ ایشان بدون جانبداری وبا توجه به تخلفِ بنیصدر از دستور حفظ حرمتِ دیگران، شخصیت‌های انقلابی را در جواب گفتن آزاد گذاشتند.
بنیصدر سخنان تنش‌زای خود را در عاشورای همان سال و 22 بهمن نیز ادامه داد اما اوج این سخنان که به درگیری‌های خیابانی نیز منجر شد٬ در 14 اسفند ماه و به مناسبت سالگرد فوت مصدق ایراد شد.
در این غائله٬ شعارهای عمده‌ی یک طرف علیه شهید بهشتی و حزب جمهوری اسلامی و طرف دیگر علیه بنیصدر، مجاهدین خلق و ملی‌گراها بود. در این میان، بنیصدر به جای جلوگیری از تشدید درگیری‌ها و خاتمه‌دادن به آن، با سخنانی تحریک‌آمیز، بر شدت درگیری‌ها افزود. نیروهای محافظ او هم به همراه شبهنظامیان مجاهدین خلق، متشکل از میلیشیای دختر و پسر، به یکباره به کسانی که شعارهای اسلامی و انقلابی میدادند و تصاویر امام را به همراه داشتند، یورش بردند و آنان را دستگیر کردند. بنیصدر نیز آنها را وابسته به نهادهای انقلابی و گروههای مذهبی معرفی کرد و جمعیتی را که با شعارهای ضدانقلابی به ضرب و شتم بچهمذهبیها پرداخته بودند، با هیجان و شدتِ عمل بیشتر هدایت می‌کرد و این کار تا پایان مراسم ادامه یافت و در نتیجه ده‌ها زخمی و مجروح برجای ماند. پخش مستقیم این مراسم از تلویزیون و نشان‌دادن ضرب و شتم نیروهای انقلابی و پرت‌کردن خانمها از بالای دیوارها که با شعارهای ضدانقلابی مجاهدین خلق همراه بود، خشم عمومی را علیه رئیس‌جمهور و هوادارانش برانگیخت.
این حوادث، علاوه بر اعتراضات گسترده در جامعه، خشم اکثریتِ نمایندگان مجلس را هم برانگیخت و تا طرح استیضاح رئیس‌جمهور پیش رفت. پس از سخنرانی بنیصدر، امام خمینی سعی کردند با نصیحت‌های پدرانه تا حد امکان با بنیصدر و منافقان اتمام‌حجت نمایند. منافقان نصایح امام و دادن فرصت برای برگشتن به آغوش اسلام و ملت و اتمام حجت‌ها را دلیل بر ضعف امام دانسته و گمان کردند که امام به علت مسائل جنگ مجبور به عقب‌نشینی شده است. آنان چنین تحلیل می‌کردند که اگر ما قدرت در دست‌مان بود هرگز اجازه نمی‌دادیم پس از آنچه در 14 اسفند رخ داد دشمنان ما باز هم در صحنه باشند. بنابراین علتِ در صحنه بودن مجدد بنیصدر و قدرت ما در تحریک و تظاهرات و راه‌پیمایی و ضربه‌زدن به انقلاب اسلامی به دلیل ضعف جمهوری اسلامی به رهبری امام است.
پس از غائله‌ی 14 اسفند، بسیاری انتظار داشتند که امام تندتر از سابق با بنیصدر برخورد کند ولی ایشان برای اتمام حجت و نجات بنیصدر از چنگال منافقین، در تاریخ 25 اسفند طی یک بیانیه‌ی 10 ماده‌ای٬ مجدداً بر فرماندهی کل قوای بنیصدر تأکید نمودند تا شاید بنیصدر به خود آید. ایشان از سران مملکت خواستند تا سعی کنند تا پایان جنگ موضع‌گیری و سخنرانی‌ای نکنند که باعث اختلاف و درگیری شود. همچنین امام سایر نهادها نظیر مجلس و قوه قضائیه را هم مشروع و قانونی خواندند و تعرض به آنها را غیرقانونی اعلام کردند. از سوی دیگر هیئتی مرکب از نمایندگان طرفین و نماینده‌ی خود تشکیل دادند که ترمزی برای کارهای خلاف قانون باشد.
منافقین و بنیصدر و دیگر گروهک‌های ضدانقلاب٬ در وهله‌ی اول به نظر می‌رسید که از این فرمان بسیار راضی و خشنود باشند. اما امام با درایت کافی بنیصدر را در چارچوب قانون محصور و مورد حمایت و تأیید قرار داده بودند. بنابراین بنیصدر هرگاه می‌خواست عملی خارج از محدوده‌ی خود انجام دهد، خلاف فرمان امام و خلاف قانون بود و باعث افشای او می‌شد. بُعد دیگر فرمان امام ممنوع‌الکلام کردن همه‌ی مسئولان بود و این فرصت را ایجاد می‌کرد که مردم در آرامش بیشتری بتوانند مسائل و عملکردها را ببینند.
از سویی دیگر امام که از حمایت‌های مجاهدین خلق از بنیصدر آگاه بود و او را بدون منافقین عملا دارای ظرفیتی برای آشوب و اغتشاش نمی‌دید٬ تلاش کرد تا با نصایحشان٬ مجاهدین را به آغوش ملت بازگردانند. امام با دیدن توطئه‌های سازمان و بنیصدر باز هم در سخنرانی‌های مختلف ضمن نصیحت‌های پدرانه می‌فرمایند:«من به شما نصیحت می‌کنم که دست از این شیطنت‌ها و از این توطئه‌ها بردارید... مرگ مخالفین اسلام و جمهوری اسلامی نزدیک است...»
از اسفند 59 به بعد٬ منافقین برای مقابله با امام رفته رفته در شهرها دست به آشوب زدند. امام خمینی پس از آشوب و اغتشاش مجاهدین خلق در هفتم اردیبهشت سال 60، در 11 اردیبهشت به مناسبتِ روز جهانی کارگر خطاب به گروهک‌ها می‌فرمایند: «شما چیزی نیستید که بتوانید در مقابلِ این موج خروشان انسان‌های برپاخاسته مقاومت کنید، پس صلاح شما و صلاح ملت شما و صلاح همه این است که اسلحه‌ها را زمین بگذارید و این شیطنت‌ها را دست بردارید و به آغوش ملت برگردید و مثل سایر برادران ما همراه با آنها به زندگی خودتان ادامه بدهید.»
پس از اتمام حجت امام با سازمان، سران مجاهدین خلق به امام نامه نوشتند و درخواستِ راه‌پیمایی به سمت جماران کردند. منافقین به این نتیجه رسیده بودند که اگر امام آنها را بپذیرد به معنای آن خواهد بود که مندرجات نامه را در محکومیت جناح خط امام و ادعای قانون‌شکنی و سرکوب‌گری‌های آن و همچنین عملکرد مظلومانه‌ی سازمان را پذیرفته است. حالت دوم اینکه امام تقاضای آنها را نپذیرد در این صورت در افکار عمومی این گونه وانمود می‌شد که مجاهدین خلق می‌خواستند کارها با تفاهم پیش رفته و مملکتِ در حال جنگ دچار بحران و تفرقه نشود، اما با اعلام این مطلب از سوی امام که «اگر یک در هزار هم در اینها صداقتی سراغ داشت خودش نزد آنها می‌رفت» و همچنین اعلام این مطلب که «شما دارید تهدید به قیام مسلحانه می‌کنید و بایستی سلاح‌هایتان را تحویل بدهید»، سازمان نه تنها به هیچ یک از اهداف دوگانه‌ی خود دست نیافت بلکه در برابر سؤالات جدیدی قرار گرفت.
سازمان در نامه‌ی دیگری خطاب به امام بدون پذیرش خلع سلاح از موضع مظلومانه و حق به جانب و در عین حال مدعی قدرت این گونه تهدید کرده بود: «...بی‌گمان شما در هر موقعیتی که مقتضی بدانید «تکلیف نهایی» مورد اشاره در سخنان ده اردیبهشت را مقرر خواهید فرمود، لیکن ما باز هم به عنوان انقلابیون یکتاپرست به عرض می‌رسانیم... تا وقتی راه‌های مسالمت‌آمیز ابراز عقیده و فعالیت انقلابی مطلقاً مسدود نشده و به اصطلاح حجت تمام نگردیده است [تلاش خواهیم نمود] از عکس‌العمل‌های خشونت‌بار و قهرآمیز بپرهیزیم... در برابر «تکلیفی» که گوشزد فرمودید چاره‌ای جز نوشتن و تقدیم وصیتنامه‌ها باقی می‌ماند؟»
حضرت امام خمینی طی سخنانی در 21 اردیبهشت 60 در پاسخ به نامه‌ی سازمان که در واقع آخرین اتمام حجت‌ها با سازمان محسوب می‌شود، با اعلام این مطلب که «اگر یک در هزار هم در اینها صداقتی سراغ داشت خودش نزد آنها می‌رفت و با آنها تفاهم می‌کرد» و همچنین اعلام این مطلب که «شما دارید تهدید به قیام مسلحانه می‌کنید و بایستی سلاح‌هایتان را تحویل بدهید»، سازمان نه تنها به هیچ یک از اهداف دوگانه‌ی خود دست نیافت بلکه در برابر سؤالات جدیدی قرار گرفت.
با اوج‌گیری تنش در فضای سیاسی کشور، بنیصدر در مقابله با مجلس شورای اسلامی و دولت رجایی و در شرایط حساس ناشی از جنگ عراق علیه ایران با حمایت تبلیغاتی سازمان مجاهدین خلق مدعی رسیدن به «بن‌بست» شد و برگزاری رفراندوم را پیشنهاد کرد. مسعود رجوی که در طرح‌های بنیصدر همفکری و هماهنگی سازمان با وی را هدایت می‌کرد، طی نامه‌ای با تبریک به رئیس‌جمهور به خاطر ارائه‌ی تز رفراندوم، او را در پیگیری این طرح تشجیع و تشویق نمود و تأکید کرد: «هیچ‌یک از حضرات را یارای حذف شما نیست... طرف دیگر به خوبی می‌داند که شما چه از نظر سیاسی و چه به لحاظ اجتماعی در وضعی هستید که اگر بخواهید و اگر بایستید می‌توانید فی‌الواقع جارویش کنید.»
در پاسخ به تشنج‌آفرینی بنیصدر و سازمان که در حمله به مجلس و روحانیت و دولت رجایی از همراهی علنی سیاسی و تبلیغاتی نهضت آزادی نیز برخوردار بودند، حضرت امام خمینی در دیدار با نمایندگان مجلس شورای اسلامی در تاریخ 6 خرداد 1360 پس از ماه‌ها سکوت علیه تخلفات بنیصدر٬ به روشنگری درخصوص این جریان برای مردم پرداختند. ایشان طی سخنان مشروحی ضمن حمایت قاطع از مجلس شرایط کشور را تحلیل کردند. امام در سخنان خود مواضع آشکار و قاطعی در برابر رسیدن به بن‌بست و طرح رفراندوم ارائه داد و رئیس‌جمهور و متحدانش را نسبت به تخطی از قانون انذار نمود...»:نگویید که «ملت با من است» «ملت با من است»، ملت با اسلام است، نه با من است و نه با شما و نه با دیگری... ملت اسلام را می‌خواهد ملت شخص نمی‌خواهد... شما به بن‌بست رسیدید! اشتباه می‌کنید. مملکت اسلام که به بن‌بست نمی‌رسد...آقای رئیس‌جمهور حدودش در قانون اساسی چه هست. یک قدم آن ور بگذارد من با او مخالفت می‌کنم... نمی‌شود از شما پذیرفت که ما قانون را قبول نداریم ... همه باید مقید به این باشید که قانون را بپذیرید ولو برخلاف رأی شما باشد... اگر می‌خواهید که از صحنه بیرونتان نکنند بپذیرید قانون را.»
در پی افشاگری‌های امام خمینی، ملت هوشیار و در صحنه‌ی ایران با راه‌پیمایی 15 خرداد یکبار دیگر نشان دادند که در پناه عشق و ایمان جوشیده از مکتب به ولایت فقیه همواره برای سرکوبی توطئه علیه انقلاب اسلامی آماده است.
امام خمینی در 16 خرداد که روز میلاد امام حسین (ع) و روز پاسدار بود، در پیامی تاریخی صریحاً اعلام نمودند که امت ما همراه امام خویش تصمیم گرفته‌اند که در مقابل همه‌ی توطئه‌های داخلی و خارجی بایستند و تا قطع دو دستِ آمریکای جهانخوار به مبارزه ادامه دهند. تظاهرات مردمی و میلیونی پانزدهم و شانزدهم خرداد آن‌چنان رؤیاهای بنیصدر و منافقین را در داشتن زمینه‌های مردمی نقشِ برآب نمود که مجبور شدند به دنیای خیالات ازهاری و بختیار پناه ببرند و ادعا کنند که مردم در این راه‌پیمایی‌ها شرکت نکرده‌اند. بنیصدر درست به مانند ازهاری ادعا می‌کند: «...به مناسبت 15 خرداد روز رستاخیز مردم را به خیابان بکشانند و شما را برانگیزانند تا بر ضد رئیس‌جمهور منتخبِ خودتان شعار بدهید و چون مردم نیامدند و این شکست آشکار را دیدند اینک به راه دیگری رفتند«...
عزل بنیصدر از فرماندهی کل قوا
به دنبال مصاحبه‌های متعدد بنیصدر و سخنرانی‌های تحریک‌آمیز وی در تاریخ 12/3/1360، سخنگوی هیئت سه نفری حل اختلاف، اعلام کرد که سخنرانی‌ها و مصاحبه‌ی مطبوعاتی بنیصدر، تخلف از بیانیه‌ی ده ماده‌ای امام خمینی(ره) و تخلف از قانون اساسی می‌باشد.
از این مقطع، چرخ زمان علیه بنیصدر به حرکت درآمد و عدهای از اطرافیانش دور او را خالی کردند. در هجدهم خرداد ماه، تعدادی از روزنامه‌ها به حکم دادگاه توقیف شدند. روزنامه انقلاب اسلامی نیز به خاطر انتشار مقالات تشنج‌آفرین در 18 خرداد 60 توقیف شد. امام خمینی (ره) در همین روز در یک سخنرانی پرشور و قاطع در مورد اقدامات بنیصدر و مؤتلفین وی اتمام حجت کرد و مقاومت در برابر قانون و مصوبات قانونی مجلس را دیکتاتوری نامید و صریحاً به تشنج‌آفرینان هشدار داد. با دعوت بنیصدر از مردم برای مقاومت و ایستادگی در دفاع از وی، در چند نقطه‌ی تهران و شهرستان‌ها در روزهای 18 و 19 خرداد تجمع‌های غیرقانونی و آشوبگرانه گروه‌هایی از طرفداران بنیصدر و مجاهدین خلق با حضورِ خودجوش مردم خاتمه یافت و نشان داد که جریان مخالفِ رهبری انقلاب برخلاف تصور پایگاه مردمی ندارد.
روز بعد امام خمینی با یک حکم ـ که در جمله‌ای واحد نگاشته بود ـ ابوالحسن بنیصدر را از فرماندهی نیروهای مسلح عزل کرد:
«بسم الله الرحمن الرحیم
ستاد مشترک نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، آقای ابوالحسن بنیصدر از فرماندهی نیروهای مسلح برکنار شده‌اند.
روح‌الله الموسوی الخمینی»
بدین‌ترتیب دایره‌ی فعالیت‌های بنیصدر تنگ‌تر شد و بهناچار به زادگاه خود، همدان، فرار کرد. در آنجا با حضور عدهای از مردم همدان، «دفتر همکاری‌های مردم با رئیس‌جمهور» را افتتاح کرد. بنیصدر پس از اطلاع از عزل خود از فرماندهی کل قوا توسط امام خمینی، طی سخنانی مردم این شهر را به ایستادگی و مقاومت در برابر دولت و نیروهای انقلابی دعوت کرد. در پی این سخنرانی، دفتر همکاری‌های مردم با رئیس‌جمهور در چند شهر مختلف مورد حمله قرار گرفت و تخریب شد. در این شرایط سازمان مجاهدین خلق که فعالیت‌های گسترده‌ی خود را در گروی حفظ بنیصدر بر مسند قدرت می‌دید، در 18 خرداد 1360 حمایت کامل و یکپارچه‌ی خود را از وی اعلام کرد. فردای آن شب سازمان اطلاعیه‌ای در حمایت از بنیصدر تحت عنوان «هشدار نسبت به حفظ جان رئیس‌جمهور» صادر کرد: «در این شرایط[سازمان] حمایت از شخص رئیس‌جمهور و حفاظت از جان او را یک وظیفه‌ی مبرم انقلابی در سراسر کشور تلقی می‌کند». سازمان تحولات سیاسی کشور و اقدامات قانونی رهبری انقلاب و مجلس شورای اسلامی برای جلوگیری از قانون‌شکنی بنیصدر و دفاع از حریم قانونی ارکان نظام را «کودتای خزنده‌ی مرتجعین» نام‌گذاری کرد و مردم را به مقابله با نظام فراخواند.
در این ایام، اعلامیه‌های فراوانی از سازمان مجاهدین خلق صادر می‌شد که در آنها از هیچ‌گونه تهمت و افترا به نهادهای انقلابی و مسؤلان حکومتی فروگذار نمی‌شد. در این اوضاع و قبل از آنکه درگیری‌های خیابانی شکلِ کاملِ یک جنگ داخلی به خود بگیرد، حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی، با امام خمینی دیدار کرد و پس از این ملاقات، در24/3/1360، نظرات مجلس را درباره‌ی عملکرد رئیس‌جمهور اعلام کرده، خواستار طرحِ بحث عدم کفایت سیاسی وی شد.
عزل بنیصدر از ریاستجمهوری
عزل بنیصدر از فرماندهی کل نیروهای مسلح توسط امام خمینی و عدم تمایل بنیصدر به همکاری و کاهش تنش‌های موجود میان خود با جناح مقابلش، نیروهای خط امام را به این نتیجه رساند که چاره‌ای جز حذفِ رئیس‌جمهور نیست. فراکسیون همنام برخلافِ جناح اکثریت مجلس اعتقاد داشتند که برای حلِ مشکلات بهتر است مجلس از راه رفراندوم منحل شود و انتخابات مجلس مجدداً برگزار شود. به این وسیله، دولت رجایی سقوط می‌کند و موقعیتِ رئیس‌جمهور تحکیم می‌شود. این طرح از سوی امام رد شد. از سوی دیگر، برخورد شدید نیروهای غیرمذهبی و حتی نهضت آزادی با لایحه‌ی قصاص که از جانب نیروهای مذهبی به مجلس ارائه شده بود، موجب تضعیف جناح بنیصدر در مجلس و انسجام نیروهای مذهبی شد.
پس از عزل بنیصدر از فرماندهی کل قوا در 20 خرداد 1360، برای نخستین بار در مجلس مهدی نصیری لاری درباره‌ی عزل رئیس‌جمهور سخن گفت. هاشمی رفسنجانی در این باره می‌نویسد: «آقای نصیری لاری، عدم کفایت سیاسی بنیصدر را مطرح کرد و خیلی خوب صحبت کردند». 120 نفر از نمایندگان مجلس نیز طرح عدم کفایت سیاسی بنیصدر برای ریاستجمهوری را به مجلس ارائه کردند و چون این طرح فاقد آیین‌نامه‌ی لازم برای بررسی‌های مربوط بود، برای آنکه کار قانونی انجام شود و دستاویزی برای ضدانقلاب فراهم نشود، طی جلسات 165 تا 168 مجلس مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت آیین‌نامه‌ای با عنوان «طرح دو فوریتی آیین‌نامه‌ی چگونگی بررسی کفایت سیاسی رئیس‌جمهور»، پس از صحبت‌های مخالف و موافق در جلسه‌ی 27/3/1360 مجلس شورای اسلامی، تصویب شد. این طرح که با دو سوم آرای نمایندگان به مجلس تقدیم شده بود، نشان می‌داد که نظرِ اکثر نمایندگان بر عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور است. هم‌زمان با این مسئله، در روز 26 خرداد، سازمان مجاهدین خلق، اطلاعیه‌ای در حمایت از بنیصدر به چاپ رساند که در آن آمده بود: «جان رئیس‌جمهور در خطر جدی است. مردم تهران، آماده‌ی نجات جان دکتر بنیصدر باشید.»
پس از تصویب طرح بررسی عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور در مجلس، تعداد زیادی از مردم مقابل مجلس شورای اسلامی تجمع کرده، خواهان رسیدگی فوری به مسئله‌ی کفایت سیاسی بنیصدر شدند. در پاسخ به این تجمعِ مردمی، از سوی سازمان مجاهدین خلق، اطلاعیه‌ی دیگری با این مضمون در حمایت از بنیصدر صادر شد: «بار دیگر فریاد پرخروش الله‌اکبر را در مخالفت با روش‌های انحصارطلبانه‌ی ضدمردمی و ضداسلامی و در حمایت از آزادی‌های اساسی و رئیس‌جمهور، در بام خانه‌ها طنین‌افکن سازیم.»
این دعوت از سوی مردم ایران بدون پاسخ باقی ماند. امام خمینی نیز در 28 خرداد به مناسبت نیمه‌ی شعبان، طی پیامی در مورد توطئه‌های جبهه‌ی داخلی ضدانقلاب هشدار دادند و خواستار رسیدگی سریع‌تر به این موضوع شدند.
اما سازمان مجاهدین خلق نسبت به عواقب عزل رئیس‌جمهور و مسئولیت‌های نمایندگان در این باره هشدار داد و ضمن اطلاعیه‌ای تهدیدآمیز، نمایندگان را از شرکت در جلسه‌ی بررسی عدم صلاحیت رئیس‌جمهور برحذر داشت: «سازمان مجاهدین خلق ایران به تمامی نمایندگان که در مجلس حضور می‌یابند، نسبت به کلیه‌ی عواقبِ گسترده‌ی عزل رئیس‌جمهور در فضای هیستریک ارتجاعی حاکم، زنهار می‌دهد. از این رو با یادآوری مجالس و ادوار قانون‌گذاری که در تاریخ معاصر ایران به استقرار دیکتاتوری منجر شده است، ما به فرد فرد نمایندگان حاضر و به ویژه آنها که نسبت به سرنوشت مردم ایران احساس مسؤلیت می‌کنند، تذکر می‌دهیم که خود را شایسته‌ی لعن و نفرین ابدی ملت ایران نساخته و مرعوب صحنه‌های ساختگی چماق‌داران در برابر مجلس نشوند».
با وجود این، شنبه 30 خرداد 1360، روز طرح عدم کفایت سیاسی بنیصدر در مجلس بود. در اولین جلسه‌ی بررسیِ طرح مزبور، 15 تن از نمایندگان از شرکت در جلسه خودداری کردند که برخی از شناخته‌شده‌ترین آنها عبارت بودند از: مهدی بازرگان، ابراهیم یزدی، یدالله سحابی، احمد سلامتیان، احمد صدر حاج-سیدجوادی، احمد غضنفرپور، محمد مجتهد شبستری و هاشم صباغیان. همه‌ی گروه‌ها و جریانهای مخالفِ نظام جز اندکی که مرزبندی ایدئولوژیک و استراتژیک با لیبرال‌ها داشتند، قرار حمایت از بنیصدر را گذاشته بودند. در این زمان بنیصدر مخفی شده بود و هیچ‌کس از محل اختفای او خبر نداشت. تا آنجا که دادستان انقلاب اسلامی مرکز نیز اعلام کرد که از محل سکونت بنیصدر هیچ‌گونه اطلاعی در دست نیست.
در جلسه‌ی روز 30 خرداد، ابتدا عزت‌الله سحابی به عنوان مخالف دعوت شد که به علت عدم آمادگی تنها سؤالی را در مورد کلیت طرح مطرح نمود که توسط رئیس پاسخ داده شد و سپس به جای او٬ معین‌فر حاضر شد. او در ابتدا با بیان اینکه به علت سخنرانی در حمایت از بنیصدر دیگر تأمین جانی نخواهد داشت، سعی در تحت‌تأثیر قرار دادن نمایندگان و شنوندگان داشت. او گفت شرایط موجود را شرایط خوبی برای مطرح‌کردن این طرح نمی‌داند و سعی کرد نشان دهد که اگر اشکالاتی هم در عملکرد رئیس‌جمهور وجود داشته باشد تنها تخلف ایشان را اثبات می‌کند. وی سعی کرد به صورت ضمنی این طرح را به سلایق حزبی اکثریت مجلس ارتباط دهد. این سخنرانی محکم‌ترین سخنرانی در مخالفت با طرح بود و مخالفان بعدی عملاً حرف قابل ذکری برای دفاع نداشتند که این سخنان نیز روز بعد توسط آیت‌الله خامنه‌ای مورد نقد و رد قرار گرفت. اولین موافق طرح، دکتر ولایتی، دلایلی در موافقت با طرح اعلام کرد از جمله: 1- ایشان تفکیک‌کننده‌ی قوا بودند. 2- رفتار ایشان در طول این مدت حاکی از دورویی و دوچهرگی و غدر و حیله بوده 3- عدم صداقت سیاسی 4 ـ ترویج اخلاق استکباری 5 ـ ترویج و اعمال خودمحوری 6- اتحاد با دشمنان قسم‌خورده‌ی داخلی و خارجی اسلام 7ـ تلاش برای بی‌اعتبارکردن نهادهای انقلابی که استوانه‌های این انقلاب هستند. 8ـ بی‌اعتبار کردن اسلام و رشد ملی‌گرایی و هر نوع مکتب و تفکر ضداسلامی در مقابل اسلام 9ـ بی‌اعتبار کردن یاران امام 10ـ متشکل‌کردن ضدانقلاب زیر چتر دفتر هماهنگی (اسنادی که از دفتر هماهنگی به‌دست آمده این را نشان می‌دهد) و... مخالف بعدی طرح آقای جعفری بود که در حمایت از بنیصدر صحبت قابل توجهی نکرد. تنها برکناری وی را در شرایط موجود به نفع کشور ندانست و دلیل مخالفت خود را وحدت نیروها اعلام کرد. در ادامه دکتر زرگر صحبت کرد. وی ابتدا به طرح‌های مختلف برای انحرافِ انقلاب‌ها اشاره نموده و در ادامه حضور بنیصدر را طرح و برنامه‌ای برای انحراف انقلاب ایران دانست و سیر حضور ایشان از پیش از انقلاب تا زمان حاضر را بیان کرد. پس از ایشان آقای خلخالی صحبت کرد. پس از ایشان آقای سحابی و اعظم طالقانی در حمایت از بنیصدر صحبت کردند.
روز 31 خرداد 60، اولین سخنران علی‌اکبر معصومی بود که درباره‌ی التقاط فکری بنیصدر صحبت کرد. در ادامه حجت‌الاسلام خلخالی به شورش‌های مسلحانه‌ی تهران و لزوم رسیدگی به پرونده بنیصدر اشاره کرد. سپس حجت‌الاسلام موسوی خوئینی‌ها نطق طولانی و مهمی ایراد کرد. وی در ابتدا به برخی عملکردهای اشتباه بنیصدر اشاره نمود و گفت این اعمال باعث رأی به عدم کفایت وی نیست و مهم‌ترین دلیل برای رأی به عدم کفایت سیاسی بنیصدر را وابستگی او به جریان آمریکایی ضداسلامی دانست و مستنداتی در این راستا ارائه نمود. در ادامه‌ی جلسه حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی سخنانی راجع به اغتشاشاتِ روزهای اخیر عنوان و این اغتشاشات را دلیلی بر عدم کفایت سیاسی بنیصدر خواند.
در نهایت در ساعت 4:30 بعد ازظهر، رأی مجلس مبنی بر تصویب عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور با 177 رأی موافق، 12 رأی ممتنع و یک رأی مخالف اعلام شد.
به دنبال عزل بنیصدر، حجت‌الاسلام قدوسی، دادستان انقلاب اسلامی، حکم دستگیری بنیصدر را صادر کرد و حجت‌الاسلام هاشمی رفسنجانی طی نامه‌ای به بنیصدر این حکم را ابلاغ نمود:
«بسمه تعالی
جناب آقای سید ابوالحسن بنیصدر رئیس‌جمهور ـ طرح قانونی آیین‌نامه‌ی بررسی عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور که در جلسه مورخ 27/2/60 مجلس شورای اسلامی تصویب شده و مورد تأیید شورای محترم نگهبان قرار گرفته به پیوست ارسال می‌گردد رئیس مجلس شورای اسلامی اکبر‌هاشمی» در روز اول تیرماه 1360، حضرت امام خمینی(ره) حکم عزل بنیصدر از مقام ریاستجمهوری را رسماً بدین شرح اعلام کردند: «پس از رأی اکثریت قاطع نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی مبنی بر اینکه آقای ابوالحسن بنیصدر برای ریاستجمهوری اسلامی کفایت سیاسی ندارد، ایشان را از ریاستجمهوری عزل نمودم.»
به بنیصدر گفتم گرگها می‌خواهند تو را به تباهی بکشند
امام خمینی(ره) همچنین بعد از عزل بنیصدر طی یک سخنرانی یکبار دیگر بر مبنای عطوفت اسلامی بنیصدر را نصیحت فرمودند و به او عاقبتِ کارش را گوشزد کردند و با اشاره به قدرت مردم که قادر است هر توطئه‌ای را سرکوب نماید، فرمودند: «این گروه‌هایی که مع‌الأسف عدهای از جوانان ما و بچه‌های عزیزی را که اینها باید برای میهن خودشان و اسلام خودشان عمل کنند بازی می‌دهند و بر ضد انقلاب اسلامی که دست قدرت‌ها را از این کشور قطع کرده است بسیج می‌کنند و در خیابان‌ها می‌آورند و در مقابل ملت می‌خواهند بایستند در اشتباه‌اند و من باید به این جوان‌های گول‌خورده که از چند نفر گرگ اینها گول خورده‌اند نصیحت کنم...
کراراً من[به بنیصدر] گفتم که بیا برو از این گروهک‌های فاسد از این منافقین تبری کن ـ حیثیت خودت را از دست نده بیا برو در ملاءعام و اینها را از خود بران، اینها تو را به تباهی می‌کشند. این گرگ‌هایی که اطراف تو جمع شده‌اند الا بعض معدود آنها، همه‌ی آنها گرگ‌هایی هستند که می‌خواهند تو را به تباهی بکشند. اینها را از خود بران و برای اینکه نتوانست بفهمد اسلام یعنی چه و کشور اسلامی یعنی چه و ملت اسلام یعنی چه و ارتش اسلام یعنی چه و سایر قوای مسلح اسلام یعنی چه، این خودش را به تباهی کشاند...
متنبه بشوید و برخلاف این سیل‌ِ خروشان اسلام و ملت اسلامی شنا نکنید، من خیر شما را می‌خواهم من خیر همه‌شان را می‌خواستم، من خیر این گروهک‌ها را هم می‌خواهم. [اگر] این گروهک‌ها دست بردارند و در مقابل اسلام و کشور اسلامی قیام نکنند، آنهایی که قیام نکردند توبه کنند برگردند به دامن اسلام و این جوان‌هایی که به دامن اینها افتادند تنبه پیدا کنند و برگردند به دامن اسلام ...
من الآن هم نصیحت می‌کنم آقای بنیصدر را به اینکه مبادا در دام این گرگ‌هایی که در خارج کشور نشستند و کمین کردند بیفتید و این آبرویی که از دست دادید بدتر بشود من علاقه دارم که تو بیشتر از این خودت را تباه نکنی من علاقه دارم همه‌ی اشخاصی که در این مملکت زندگی می‌کنند یک زندگی انسانی الهی داشته باشند...
من حق خودم را بخشیدم به شما، هرچه بد گفتید بخشیدم لکن خیر شما را می‌خواهم که از این خطاها که تاکنون شده است دست بردارید و با ملت حسابتان را یکی کنید و با این گروههای مختلفی که می‌خواهند از حیثیت شما برای خودشان کسب وجاهت کنند و هرچه آنها کسب وجاهت کنند شما وجاهت‌تان را از دست می‌دهید از اینها ببرید... »
پس از عزل بنیصدر، او به نصیحت امام گوش نداد و همان مسیری را رفت که امام او را از آن منع می‌کرد. او در نهایت بنیصدر در تاریخ ششم مرداد سال 1360 به اتفاق رجوی با همکاری عدهای از منافقین با هواپیمای بوئینگ 707 با هدایت سرهنگ خلبان معزی ـ خلبان مخصوص شاه- به سوی فرانسه فرار کرد.
